一、综合办公室：负责全局审计计划制订、工作总结、统计及分析、法制及制度建设、信息调研及对外宣传、信访、督察、组织应诉、计算机管理及软件应用、业务考核及培训、专项工作的汇总报告等项工作，综合协调全局经济责任审计等审计业务，对审计工作及其审计文书等资料进行复核，负责文件材料印制、收发、传送、审计案卷复查考评、档案保管、保密等文秘工作。

二、人事监察科：负责干部的人事、劳资、考勤、人员调动、人事档案、统战、党务、宣传、政治学习、纪检监察、老干部、公务员培训、职称考试、计生等项工作。

三、固定资产投资审计科：负责对财政投入的重点工程和本区国有资产投资或者融资为主的基本建设项目及其直接有关的报建程序、资金筹措管理使用情况，施工、监理、采购、供货等单位的财务收支进行审计监督，对建设工程概（预）算和结（决）算进行审计；对房地产开发、建筑施工企业等国有及国有控股企业资产、负债、损益进行审计。

四、行政事业审计科：负责对区属行政事业单位及所属各单位的财政、财务收支进行审计，对社会保障基金、救灾救济款、优抚安置费和社会捐赠及校办企业公司的经济活动进行审计监督。

五、经济贸易审计科：负责对区属国有及国有资产占控股地位或主导地位的有限责任公司和股份公司等企业的资产、负债、损益、国有资产营运机构运营情况进行审计监督。

六、财政金融审计科：负责对崇文区财政局、地税局、国有资产管理机构经管的财政资金进行审计，对区财政预算执行情况进行审计监督；对街道办事处财务收支情况进行审计；接受授权对崇文区金融、保险、合资等企业的资产、负债、损益及国有资产保值增值情况进行审计。

七、审计指导科：负责指导监督全区各部门、各单位的内部审计工作，组织、检查、指导各单位内审工作的开展，收集汇总分析各单位财务报表等工作；对社会审计组织审计业务质量进行监督检查。

八、行政管理科：负责本局对外联系、接待等服务性工作，社会治安综合治理、安全保卫，财务、财产管理、献血、卫生、绿化、车辆、交通安全、临时工管理，机关后勤保障等。